В 1961 году во Львове окончил технологический факультет Украинского полиграфического института по специальности «Инженер-технолог». В это же время начал писать сценарии, работал сценаристом в городской любительской киностудии и в итоге решил поступать во ВГИК. В 1968 году окончил сценарный факультет Всесоюзного государственного института кинематографии по специальности «Кинодраматург».
Дебютом Виктора Мережко в качестве сценариста в полнометражном кино стал детский фильм «Тигры на льду» (1971, режиссеры - Валентин Козачков, Альберт Осипов).
Всего по сценариям Виктора Мережко снято более 50 фильмов и сериалов, в том числе: «Здравствуй и прощай» (1972, Виталий Мельников), «Трын-трава» (1976, Сергей Никоненко), «Вас ожидает гражданка Никанорова» (1978, Леонид Марягин), «Уходя – уходи» (1978, Виктор Трегубович), «Родня» (1981, Никита Михалков), «Полёты во сне и наяву» (1982, Роман Балаян), «Забавы молодых» (1987, Евгений Герасимов), «Собачий пир» (1990, Леонид Менакер), «Курочка Ряба» (1994, Андрей Кончаловский), «Провинциалы» (2002, Владимир Краснопольский, Валерий Усков) и другие. В фильмах по сценариям Мережко играли знаменитые советские и российские актеры: Олег Табаков, Нонна Мордюкова, Юрий Богатырев, Олег Янковский, Людмила Зайцева, Ирина Купченко, Александр Збруев и многие другие. Одной из последних картин, вышедших по сценарию кинодраматурга стала мелодрама «Входя в дом, оглянись» режиссёров Андрея Малюкова и Сергея Кешишева (2019).
Виктор Мережко написал сценарии к 12 мультфильмам, среди которых «Василиса Прекрасная» (1977, Владимир Пекарь), «Премудрый пескарь» (1979, Валентин Караваев), «Кот Котофеевич» (1981, Галина Баринова), «Лиса Патрикеевна» (1982, Галина Баринова), «Волчище - серый хвостище» (1983, Галина Баринова), «Приключения пингвинёнка Лоло» (1986-1987, Геннадий Сокольский, Кэндзиро Ёсида).
Помимо киносценариев, Виктор Мережко - автор более 15 пьес, которые ставились во многих театрах Советского Союза и продолжают идти на современной российской сцене. Самые известные: – «Пролетарская мельница счастья», «Ночные забавы», «Крик», «Я – женщина», «Женский стол в охотничьем зале», «Двое с большой дороги», «Кавказская рулетка».
В 2000-х годах Виктор Мережко занялся режиссурой. Среди снятых им фильмов и сериалов – «Новогодние мужчины» (2004), «Красная комната» (2006), «Белая ночь, нежная ночь» (2007), «Сонька Золотая Ручка» (2006), «Сонька. Продолжение легенды» (2010), «Подземный переход» (2012), «Хуторянин» (2013). Последняя режиссёрская работа Мережко - четырёхсерийная социальная драма «Не ждали» (2019).
Кроме того, Виктор Мережко снимался в эпизодических ролях в фильмах: «Если есть паруса» (1969), «Прости» (1986), «Дикий пляж» (1990), «Рэкет» (1992), «Крот» (2001), «Замыслил я побег» (2003), «Дед Иван и Санька» (2012) и других.
В разные годы Виктор Мережко вёл на телевидении программы, посвященные кино: «Кинопанорама» (1989-1994), «Моё кино» (1994-2002). Был одним из создателей телеканала «ТВ-6 Москва», первым вице-президентом Московской независимой вещательной корпорации.
Виктор Мережко являлся членом правления Союза кинематографистов России и членом Союза писателей России. Вместе с Юлием Гусманом основал Российскую академию кинематографических искусств «Ника», был её первым президентом, затем - членом президиума и почётным членом Совета академии. Являлся один из организаторов кинофестиваля стран СНГ и Балтии «Киношок». С 2018 года был президентом Всероссийского Шукшинского кинофестиваля.
Мережко был председателем попечительского совета Санкт-Петербургского государственного института кино и телевидения.
Дочь Виктора Ивановича Мария Мережко снялась в нескольких кинокартинах. Сын – Иван Мережко – художник-постановщик киностудии «Ленфильм».
Скончался Виктор Мережко 30 января 2022 года на 85-м году жизни. Похоронен на Троекуровском кладбище Санкт-Петербурга.