В 1976 году с отличием окончил Свердловский архитектурный институт. Затем служил в армии во внутренних войсках МВД СССР.
В решении Владимира Хотиненко попробовать себя в кинематографе большую роль сыграла встреча с Никитой Михалковым во время службы в армии. Впоследствии Хотиненко работал у него ассистентом на картинах «Обломов», «Пять вечеров», «Родня». В 1981 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров (мастерская Никиты Михалкова).
В 1978–1982 годах являлся художником-постановщиком фильмов «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка» на Свердловской киностудии.
Режиссёрским дебютом Хотиненко стал фильм «Один и без оружия», который был встречен одобрительно. Успех пришёл к режиссёру в 1987 году, когда он снял фантастическую притчу «Зеркало для героя», ставшую одной из вех на пути к осмыслению обществом исторического прошлого. В 1988 году фильм получил специальный приз жюри XXI ВКФ в Баку и приз имени Виттоpио де Сика «За режиссуру» на кинофестивале в Соppенто.
Ещё один резонансный фильм вышел в 1995 году. Социальная драма «Мусульманин» вызвала неоднозначную реакцию кинокритиков из-за претензионного сравнения христианства и ислама. На самом деле Владимир Хотиненко хотел подчеркнуть, что законы нравственности стоят выше. Фильм «Мусульманин» получил Гран-при жюри МКФ в Монреале, а также приз кинопрессы в 1995 году в номинации «Лучший фильм года». В 2005 году он был удостоен специального приза Первого международного фестиваля мусульманского кино «Золотой минбар».
В 2001 году режиссёр начал сотрудничество с телевидением, выступив в качестве постановщика четырех частей возрождённого сериала «Следствие ведут Знатоки». Это сотрудничество имело продолжение – в 2004 году на экранах появился снятый Хотиненко исторический сериал «Гибель империи» (продолжение сериала «Империя под ударом») с участием ведущих актёров современного российского кинематографа. Драма о гибели подводной лодки «72 метра», снятая по мотивам повести писателя Александра Покровского, также вызвала резонанс в обществе.
В 2005 году режиссёр выпустил художественно-публицистический фильм «Паломничество в Вечный город», посвященный истории христианства в Риме в первые четыре века нашей эры.
Среди работ режиссёра последних лет – сериалы «Достоевский» (2010) и «Бесы» (2014), драма «Наследники» (2015).
Владимир Иванович Хотиненко является заведующим кафедрой режиссуры Всероссийского государственного института кинематографии, с 1999 года один из руководителей мастерской режиссуры игрового фильма на Высших курсах сценаристов и режиссёров, руководит мастерской факультета режиссуры в Московском институте телевидения и радиовещания «Останкино». Владимир Хотиненко входит в состав Совета при президенте РФ по культуре и искусству, в состав Патриаршего совета по культуре. Лауреат премий «ТЭФИ», «НИКА», «Золотой Орел», а также многочисленных наград российских и международных кинофестивалей.
Сейчас кинорежиссёр всё больше углубляется в историю родины, пытаясь понять причины происходящих сегодня перемен. Продолжает исследовать тему революции, которую затронул в последнем своём художественном фильме. В 2019 году он выпустил исторический экшен «Ленин. Неизбежность», который был представлен на кинофестивале в Каннах. Режиссёр убеждён, что образ будущего России необходимо искать в его прошлом.
Ещё в планах у Владимира Хотиненко два проекта о гениальных творцах мировой культуры.
В настоящее время режиссёр работает над художественным фильмом об итальянском поэте Данте Алигьери. Хотиненко отмечает, что фигура поэта впечатляет сама по себе, а его жизнь остаётся до сих пор не исследованной до конца.
Владимир Хотиненко также планирует создать оперную постановку с оригинальным либретто о французском композиторе Жорже Бизе. «Бизе создал потрясающие мужские теноровые партии, одни из самых знаменитых. Его опера «Кармен» остаётся самым исполняемым произведением. Мне хочется построить историю его жизни на лучших партиях», - сообщил режиссёр агентству ТАСС.
Желаем Владимиру Ивановичу успешного осуществления всех задуманных проектов и новых идей!